Prírodné organické pigmenty sa získavajú z rastlinných alebo živočíšnych extraktov. Sú to pôvodné verzie niektorých známych farieb, ale sú menej odolné. Napríklad tan sa kedysi vyrábal z vreciek atramentu mäkkýšov a košenila sa extrahovala z košenilového hmyzu. Indická žltá, indigová a tmavozelená boli pôvodne odvodené z rastlín a pravá ruža madder taká zostáva. Slonovinová čierna, kostná čerň a vínna čerň sú vyrobené z dreveného uhlia vyrobeného zo zuhoľnatenej slonoviny, kostí a určitých druhov dreva.
Pred 50. rokmi 19. storočia bola väčšina organických pigmentov prírodná, ale s pokrokom v organickej chémii bola veľká väčšina nahradená syntetickými organickými pigmentmi, z ktorých niektoré napodobňujú odtiene nachádzajúce sa v prírodnej organickej hmote. Fyzikálna forma a odtieň syntetických pigmentov sa ľahšie ovláda ako prirodzené pigmenty a majú tendenciu byť svetlostálejšie a ponúkajú širšiu škálu farieb. Dnešné syntetické organické pigmenty zahŕňajú svetlé, trvalé ftalokyaníny, chinakridony a perylén.
Farbené organické pigmenty zahŕňajú ftalocyanín, alizarínovú karmínovú, antrachinónovú červenú (svetlostálejšia alternatíva k alizarínu), pruskú modrú, Hanzovu žltú, Hookerovu zelenú, indigo, Paynovu sivú, Perinónovú oranžovú a chinakridón (má tiež priehľadné vlastnosti). Aj keď je veľkosť pigmentových častíc zvyčajne relatívne jednotná, stále je prítomná určitá sedimentárna organická hmota, ako je ultramarínová modrá, ultramarínová fialová a azúrová. Transparentné organické pigmenty zahŕňajú Rose Madder Genuine, Viridian a Quinacridones, ktoré vytvárajú nádherné glazúry.